Pro-Electoral Integrity est financé dans le cadre de la Facilité italienne-africaine pour la paix (IAPF), le cadre de coopération établi entre l'Italie et l'Union africaine en 2007 pour soutenir la paix, la sécurité et la prévention des conflits à travers le continent. C'est l'instrument par lequel ce partenariat de longue date est appliqué spécifiquement à la gouvernance électorale et démocratique. Le projet repose sur une répartition claire des rôles. Le AUC-PAPS dirige la coopération et en définit les priorités, garantissant ainsi l'appropriation et la légitimité continentales, tandis qu’ECES fournit l'expertise électorale, la gestion de projet et le soutien opérationnel. Ce modèle permet au projet d'accompagner l'Union africaine, les Organes de gestion électorale africains et leurs réseaux régionaux.

Depuis 2022, la coopération est mise en œuvre en trois phases successives, chacune organisée autour de deux domaines de travail de la Facilité italienne-africaine pour la paix : la prévention des conflits et la consolidation de la paix post-conflit. Cette approche par phases donne au projet la continuité nécessaire pour s'appuyer sur les résultats passés, tout en restant suffisamment flexible pour répondre aux priorités évolutives de l'Union Africaine et au calendrier électoral exigeant de l'Afrique.

Au cœur du projet se trouve un engagement en faveur d'une coopération entre pairs, conduite par les Africains. Pro-Electoral Integrity crée les conditions permettant aux autorités électorales d'apprendre directement les unes des autres, d'échanger des expériences comparatives et de se soutenir mutuellement face aux défis communs — en construisant une communauté de pratique continentale ancrée dans des normes communes et une résilience institutionnelle.